Muuseumi õue paigutatakse uuenevas majas keskaegne laev ning selleks, et see saaks teoks, tuli sisehoovis korraldada väljakaevamised. "Igasugused kaevamistööd vanalinnas tähendavad kohe arheoloogilisi uuringud. Maa seest tuli välja müüri algne paksus välja," selgitas meremuuseumi teadur Priit Lätti.

Muuseumi uurimistööde käigus avastati ka müürid, mis moodustasid müstilise käigu. "Esialgu oletati, et ta algselt võib olla see käik, mis viib eelkindlustuste juurde. Tänapäeval on säilinud ainult üks müür, tegelikult olid siin väiksemad eelkindlustused ja müürid ees," selgitas Lätti. Käik jääb pärast uuenduskuuri vaadeldavaks, külastajaid väikesesse ruumi sisse ei lasta.

Paksu Margareeta senine ekspositsioon on püsinud 40 aastat sisuliselt muutumatuna, uuendusteks kulub poolteist aastat. "Ta on sisuliselt natuke ajale jalgu jäänud. Mida siin on kirjutatud ja rõhuasetused tuleks ümber mõelda, nii et uut näitust on siia paraku vaja," põhjendas Lätti uuenduste mõtet.

Muuseumimaja ootab taas külastajaid 2019. aasta sügisel, kui avatakse rütmiline näitus, kus teatud aja tagant võtab ruumi üle audiovisuaalne keskkond, mis annab edasi meremaailma keskkonna ja tegelaste emotsiooni.